明治21年11月（1888）大日本水産会水産伝習所
大日本水産会水産伝習所が東京に設立

昭和18年4月(1943) 清水高等商船学校
昭和20年4月(1945) 高等商船学校
東京、神戸、清水の三高等商船学校を統合して、高等商船学校を設立（修業年限5年6月を4年6月に改めた）
昭和20年4月(1945) 海務学院
船舶運航に関するより高度な専門教育機関として海務学院が設置された
昭和24年11月(1949) 商船大学
商船大学が設置され、高等商船学校及び海務学院を包括することとなった
昭和32年4月(1957) 東京商船大学
東京商船大学と改称
昭和38年4月(1963)
商船専攻科を設置
昭和49年6月(1974)
商船専攻科を廃止し、大学院商船学研究科（修士課程航海学専攻、機関学専攻）を設置
昭和55年4月（1980）
乗船実習科を設置

昭和22年4月(1947)　農林省第一水産講習所
農林省令により、本所は第一水産講習所と改称し、下関分所は第二水産講習所となった
昭和24年5月(1949)　東京水産大学
国立学校設置法により、第一水産講習所を包括して農林省所管東京水産大学を設置、水産学部が置かれた
昭和25年4月(1950)
文部省所管となった
昭和28年4月(1953)
水産専攻科を設置
昭和29年4月(1954)
水産教育学課程を設置（後に水産教員養成課程と改称）
昭和39年4月(1964)
大学院水産学研究科（修士課程）を設置
昭和62年4月(1987)
水産学部の全学科を改組し、海洋生産学科、資源育成学科、資源管理学科、食品生産学科の4学科となる。大学院水産学研究科（博士課程）を設置

平成2年4月(1990)
商船学部の全学科を改組し、商船システム工学課程、流通情報工学課程及び交通電子機械工学課程を設置
平成6年4月(1994)
大学院商船学研究科の全専攻を改組し、商船システム工学専攻、流通情報工学専攻及び交通電子機械工学専攻を設置
平成9年4月(1997)
大学院商船学研究科博士課程（交通システム工学専攻、海洋情報システム工学専攻）を設置

平成8年4月(1996)
水産学部の全学科を改組し、海洋環境学科、海洋生産学科、資源育成学科、資源管理学科、食品生産学科及び共通講座の5学科、1共通講座となる

平成12年4月(2000)
大学院水産学研究科を改組し、海洋環境学専攻、海洋生産学専攻、資源育成学専攻、資源管理学専攻、食品生産学専攻の5専攻となる